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申请截止日期：2024.11.30
专业领域：计算代谢组学、有机化学
工资：3877~ 5090 欧元/月 （3~4 万人民币/月）
莱顿大学（英语：Leiden University），欧洲最具声望的大学之一，成立于公元1575年2月8日，是荷兰王国第一所大学。在过去近五个世纪中，莱顿大学培养了众多影响人类文明进程的杰出人才。笛卡尔、惠更斯、伦勃朗、斯宾诺莎等科学文艺巨匠，16位诺贝尔奖得主（洛伦兹、爱因斯坦、费米等），9位国家元首（约翰·昆西·亚当斯、丘吉尔、曼德拉、两任北约秘书长等），多位荷兰领袖和王室成员（包括现任荷兰首相马克·吕特）都在莱顿以求学、任教等方式留下了他们的足迹。莱顿大学的斯宾诺莎奖获奖人数常年稳居荷兰高校第一 。截止2017年诺贝尔奖得主人数位居世界29名。2025QS排名141。
1、职位介绍
⭐️核糖体合成和翻译后修饰肽 (RiPP) 代表一类具有很高抗生素潜力的微生物代谢物。此外，它们还可以作为植物生物防治剂，因为它们中的许多具有窄谱生物活性并且毒性较低。虽然最近已经开发了几种工具来促进微生物基因组中 RiPP 途径的检测，但自动检测非靶向 LC-MS/MS 代谢组学数据中的 RiPP 特征仍然是一个挑战。
⭐️当前项目旨在开发算法，用于自动检测微生物代谢组中的特征 RiPP 结构特征，这些特征通过与它们相关的特征 MS/MS 碎片模式进行识别。这将有助于快速评估细菌是否产生 RiPP，以及识别与典型 RiPP 翻译后修饰 (PTM) 一起产生的 RiPP 类。由此产生的算法将被实施到现有的与代谢组学数据一起工作的软件解决方案中，并通过识别质谱数据中的结构特征（这些特征也可以从基因组中预测）来促进 RiPP 的综合组学挖掘。
⭐️对于这个项目，我们寻求一位热情的博士后研究员，任期为两年。
2、任务
⭐️对迄今为止使用 LC-MS/MS 识别的不同类别的 RiPP、它们的结构特征及其特征性的 MS/MS 碎片模式进行分类。
⭐️开发检测识别 RiPPS 的 MS/MS 碎片模式的算法，这些算法特定于不同的 RiPP 类和 PTM。
⭐️在内部和公开的 MS/MS 数据上测试生成的算法。
⭐️将算法应用于 NWO KIC 微生物组任务项目中新生成的数据，以加快在微生物代谢组中发现新 RiPP 的过程。
⭐️将新算法实施到现有软件工具（如 FERMO）中。
3、资格 | 
发表于 2024-10-15 19:39:06